胃间质瘤能否治愈需根据肿瘤大小、位置及恶性程度综合判断，早期局限性肿瘤通过手术切除可能实现临床治愈，晚期或转移性肿瘤需长期药物控制。
肿瘤直径小于2厘米且未侵犯周围组织的胃间质瘤，完整手术切除后五年生存率较高。这类肿瘤多表现为腹部隐痛或体检偶然发现，手术方式常采用腹腔镜下局部切除。术后病理检查若显示核分裂象少于5/50HPF且无基因突变，通常无须辅助治疗，但需每6个月复查胃镜和增强CT。部分患者可能出现术后胃排空延迟，可通过少量多餐缓解。
肿瘤直径超过5厘米或存在肝转移时，完全切除难度显著增加。此类病例常伴随呕血、黑便等出血症状，需先使用甲磺酸伊马替尼片进行靶向治疗缩小肿瘤。即使手术联合药物治疗，复发概率仍较高，需持续使用苹果酸舒尼替尼胶囊等二线药物控制。基因检测发现PDGFRA D842V突变者对常规靶向治疗耐药，需尝试瑞派替尼胶囊等新型抑制剂。
胃间质瘤患者术后应避免进食辛辣刺激食物，选择鱼肉、蒸蛋等易消化高蛋白饮食。规律进行散步等低强度运动有助于胃肠功能恢复，但需避免仰卧起坐等增加腹压的动作。出现呕血、剧烈腹痛或体重骤降时，应立即返院复查增强CT。靶向治疗期间需每周监测血常规，防止骨髓抑制导致感染。