手足口病有疫苗，目前国内批准使用的是EV71型灭活疫苗，主要用于预防由肠道病毒71型引起的手足口病。
EV71型灭活疫苗适用于6月龄至5岁儿童，基础免疫程序为接种2剂次，间隔1个月。该疫苗可显著降低EV71感染导致的重症手足口病概率，但对其他肠道病毒如柯萨奇病毒A16型无预防作用。接种后可能出现局部红肿、低热等轻微反应，通常1-2天可自行缓解。疫苗保护效力在接种后2年内保持较高水平，建议在流行季节前完成接种。需注意疫苗接种后仍需做好日常防护，因手足口病可由多种病原体引起。
除接种疫苗外，预防手足口病需加强个人卫生管理，教导儿童养成勤洗手、不共用毛巾等习惯；流行期间避免前往人群密集场所；玩具、餐具定期消毒；出现发热、皮疹等症状及时就医隔离。患儿应居家休息至症状消失后1周，密切接触者需观察10天。保持室内通风与合理膳食有助于增强免疫力，若社区出现聚集性病例可联系疾控部门进行环境消杀。