甲状腺功能减退症通常可以治疗控制，但多数患者需长期服药维持甲状腺激素水平稳定。
甲状腺功能减退症的治疗核心是补充左甲状腺素钠，常用药物包括左甲状腺素钠片、甲状腺片等。通过定期监测促甲状腺激素水平调整剂量，多数患者可维持正常代谢状态。部分由桥本甲状腺炎或甲状腺术后引起的甲减需终身服药，而亚临床甲减或碘缺乏导致的甲减可能通过病因治疗改善。
极少数因下丘脑-垂体病变或甲状腺激素抵抗综合征导致的甲减，治疗难度较大，需针对原发病进行干预。先天性甲减患儿若未及时治疗可能遗留智力障碍，但新生儿筛查普及已大幅降低该风险。
甲减患者应遵医嘱规律用药，避免自行调整剂量，每3-6个月复查甲状腺功能。日常注意均衡饮食，适量摄入海带紫菜等含碘食物，但桥本甲状腺炎患者需限制高碘饮食。保持适度运动有助于改善代谢，冬季需注意保暖。出现心悸、多汗等药物过量症状或乏力加重等剂量不足表现时，应及时就医调整治疗方案。