打了手足口病疫苗后仍可能感染手足口病，但症状通常较轻。手足口病疫苗主要预防由肠道病毒71型引起的重症病例，对其他病毒亚型防护有限。
手足口病疫苗主要针对肠道病毒71型，该病毒是导致重症手足口病的主要病原体。接种疫苗后，人体会产生特异性抗体，显著降低感染EV71后出现脑炎、肺水肿等严重并发症的概率。临床数据显示，疫苗对EV71相关手足口病的保护效力较高。
但引起手足口病的病毒还包括柯萨奇病毒A16型、A6型、A10型等多种亚型。现有疫苗对这些病毒亚型无交叉保护作用，若感染这些病毒仍会出现典型症状如发热、口腔疱疹和手足皮疹。不过非EV71感染多数症状较轻，病程具有自限性。
建议接种疫苗后仍需做好日常防护，包括勤洗手、避免接触患者分泌物、定期消毒儿童玩具等。若出现持续高热、精神萎靡或肢体抖动等重症表现，应立即就医。疫苗虽不能完全预防感染，但能有效降低疾病负担和重症风险，仍推荐适龄儿童按计划接种。