膝关节腘窝囊肿术后存在一定复发概率，但规范治疗和术后护理可显著降低复发风险。腘窝囊肿复发主要与关节内压力异常、滑膜炎症未彻底控制等因素有关。
膝关节腘窝囊肿术后复发与关节内基础病变密切相关。若原发疾病如骨关节炎、类风湿关节炎未得到有效控制，关节滑液持续增多会导致关节腔内压力升高，可能再次形成囊肿。术中若未彻底切除囊肿壁或处理关节内病变，残留的滑膜组织可能继续分泌液体形成复发。术后过早负重活动或康复训练不当可能影响囊腔闭合，增加复发概率。部分患者存在先天性关节囊薄弱或滑膜异常增生倾向，这类体质因素也可能导致复发。
少数情况下，术后关节感染可能诱发局部炎症反应，刺激滑膜增生形成新囊肿。极少数患者因创伤或剧烈运动导致关节损伤，可能成为复发的诱因。囊肿体积较大或存在多房性结构时，手术难度增加可能导致切除不彻底。合并代谢性疾病如痛风未控制者，关节内结晶沉积可能持续刺激滑膜。高龄患者因组织修复能力下降，术后囊壁愈合速度较慢也可能影响预后。
术后应严格遵医嘱进行阶段性康复训练，初期避免膝关节过度屈伸和负重活动，使用支具保护4-6周。定期复查关节超声或MRI监测恢复情况，发现关节肿胀及时就医。控制基础关节疾病，骨关节炎患者可遵医嘱使用硫酸氨基葡萄糖胶囊，类风湿关节炎患者需规范使用甲氨蝶呤片等抗风湿药物。日常注意膝关节保暖，避免久蹲、爬山等增加关节压力的动作，超重者需控制体重。术后3个月内可进行游泳、骑自行车等低冲击运动，逐步增强股四头肌力量。饮食上适当增加富含优质蛋白和维生素C的食物如鱼类、西蓝花，有助于组织修复。