腘窝囊肿可能会自己消失，尤其是体积较小且由关节滑液暂时性渗出引起的情况。若囊肿持续增大或伴随疼痛、活动受限等症状，通常不会自行消退。
体积较小的腘窝囊肿在减少膝关节过度活动或局部热敷后，可能随着滑液吸收逐渐缩小直至消失。这类囊肿多与膝关节劳损、轻微外伤或短期炎症刺激相关，患者可通过减少爬楼梯、下蹲等动作，配合局部理疗观察变化。部分儿童患者的腘窝囊肿也可能在生长发育过程中自然消退。
体积超过3厘米或存在时间较长的腘窝囊肿通常需要医疗干预。此类囊肿常与骨关节炎、类风湿性关节炎等慢性关节病变相关，囊壁逐渐纤维化导致无法自行吸收。若囊肿压迫血管神经引发下肢麻木、静脉回流障碍，或合并感染出现红肿热痛，需通过穿刺抽液、糖皮质激素注射或关节镜手术处理。长期存在的囊肿还可能破坏关节软骨，加速膝关节退变。
建议患者避免长时间保持跪姿或深蹲动作，肥胖者需控制体重以减轻膝关节负荷。若囊肿持续存在2-3个月未见缩小，或出现膝关节弹响、交锁等伴随症状，应及时至骨科或运动医学科就诊，通过超声或磁共振检查评估关节内病变情况。