婴儿大便隐血能否自愈与消化不良有关，若为轻度消化不良引起，通常可自愈；若由肠道感染或过敏等疾病导致，则需医疗干预。
婴儿消化系统发育不完善，饮食不当或乳糖不耐受可能导致轻度消化不良，此时肠道黏膜轻微受损可引发隐血，但通过调整喂养方式如少量多次进食、更换低敏奶粉后，症状多能在数日内缓解。母乳喂养的母亲需避免摄入辛辣刺激食物，减少婴儿胃肠负担。
若大便隐血持续超过3天或伴随发热、呕吐、腹泻等症状，可能提示细菌性肠炎、牛奶蛋白过敏或肠套叠等疾病。细菌感染需用头孢克肟颗粒等抗生素治疗，过敏需改用深度水解奶粉，肠套叠则需空气灌肠复位。早产儿或免疫缺陷患儿更易出现病理性隐血，须及时就医排查。
家长应记录婴儿排便频率与性状变化，避免擅自使用止泻药或抗生素。哺乳期母亲保持饮食清淡，人工喂养者可尝试添加益生菌如双歧杆菌三联活菌散调节肠道菌群。每次便后清洁臀部并涂抹氧化锌软膏预防红臀，发现血便量增多、精神萎靡等情况立即就医。