婴儿大便隐血可能自愈，但需结合具体原因判断。生理性因素如母亲乳头破损导致的血丝摄入通常可自行恢复，病理性因素如牛奶蛋白过敏、肠炎等需医疗干预。建议及时就医明确病因。
母乳喂养婴儿出现大便隐血可能与母亲乳头皲裂有关，婴儿吞咽少量血液后经消化道排出，表现为便中带血丝。这种情况在母亲乳头伤口愈合后会自然消失，无须特殊处理。部分婴儿因肠道黏膜毛细血管脆弱，排便时轻微摩擦可能导致隐血，随着胃肠发育成熟可逐渐改善。喂养不当如过度喂养或奶粉冲调过浓也可能引发短暂性隐血，调整喂养方式后多能缓解。
牛奶蛋白过敏是婴儿大便隐血的常见病理因素，免疫系统对牛奶蛋白产生异常反应，导致肠道黏膜损伤出血。这类情况需更换深度水解配方奶粉或氨基酸配方奶粉，单纯等待自愈可能加重肠道炎症。细菌性或病毒性肠炎伴随的隐血需要抗感染治疗，轮状病毒感染引起的血便可能伴随脱水风险。先天性消化道畸形如梅克尔憩室、肠套叠等急症必须手术干预，延迟处理可能危及生命。部分凝血功能障碍疾病如维生素K缺乏会导致持续性出血，必须药物补充治疗。
发现婴儿大便隐血应保留尿不湿样本供医生查验，记录排便频率和伴随症状。母乳喂养母亲需检查乳头状况，避免摄入可能致敏食物。配方奶喂养者可尝试更换低敏奶粉，但不宜频繁更换品牌。任何伴随发热、呕吐、腹胀、拒食或血便量增多的情况必须立即就医。医生可能建议进行便常规、血常规、过敏原检测或腹部超声等检查，确诊后按病因规范治疗。平时注意奶瓶餐具消毒，避免肠道感染风险。