沙棘果醋可直接饮用或稀释后饮用，也可用于凉拌、腌制或烹饪调味。沙棘果醋含有有机酸、维生素C等成分，适量食用有助于促进消化、补充营养。
沙棘果醋可直接饮用，每日建议摄入量不超过30毫升，避免空腹饮用以减少对胃肠黏膜的刺激。饮用前可摇晃瓶身使沉淀物均匀分布，口感更佳。若感觉酸度过高，可用温水稀释至1:5比例，加入适量蜂蜜调味。沙棘果醋适合餐后饮用，其中的有机酸能帮助分解食物中的蛋白质和脂肪。体质偏寒或胃酸过多者应减少饮用频率，避免引发胃部不适。
沙棘果醋作为调味品时，可用于凉拌蔬菜水果，与橄榄油按1:3比例调配成沙拉汁。腌制肉类时加入少量沙棘果醋，能使肉质更鲜嫩并去腥增香。烹饪海鲜或油腻菜肴时滴入数滴，可提升风味并解腻。需注意高温会破坏部分活性成分，建议菜肴出锅前添加。沙棘果醋与乳制品同食可能产生絮状沉淀，但不影响食用安全性。开封后需冷藏保存并在三个月内用完，避免氧化变质。
沙棘果醋含较多酸性物质，长期过量饮用可能损伤牙釉质，建议使用吸管饮用并及时漱口。糖尿病患者应注意其中糖分含量，痛风患者需控制摄入量以防尿酸升高。饮用后若出现反酸、胃痛等症状应暂停使用。沙棘果醋不能替代药物治疗，特殊体质者食用前可咨询营养师建议。日常保存时应置于阴凉避光处，避免与碱性物质接触以保持稳定性。