医用酒精可以杀灭部分真菌，但对某些真菌效果有限。医用酒精的杀菌效果与真菌种类、酒精浓度及作用时间有关。
医用酒精主要通过破坏微生物的蛋白质结构实现杀菌作用，对多数细菌繁殖体、病毒和部分真菌有效。浓度为75%的医用酒精杀菌效果最佳，能渗透微生物细胞膜并使其蛋白质变性。对于皮肤表面的浅表真菌感染，如白色念珠菌引起的皮肤念珠菌病，医用酒精有一定抑制作用。日常皮肤消毒时，医用酒精可降低真菌感染风险，适用于小面积皮肤清洁消毒。
部分真菌对医用酒精存在较强抵抗力，如红色毛癣菌、絮状表皮癣菌等皮肤癣菌，其菌丝和孢子结构能抵抗酒精的渗透作用。深层真菌感染或指甲真菌感染时，医用酒精难以穿透角质层达到有效杀菌浓度。对于曲霉菌、隐球菌等条件致病菌，医用酒精的杀灭效果也不理想。真菌细胞壁中的几丁质成分和麦角固醇等物质，可能降低酒精的杀菌效率。
出现真菌感染症状应及时就医，由医生根据感染类型选择抗真菌药物。保持皮肤清洁干燥有助于预防真菌感染，避免与他人共用毛巾、拖鞋等个人物品。对于顽固性真菌感染，需在医生指导下使用特比萘芬乳膏、硝酸咪康唑乳膏等外用抗真菌药物，严重时可能需口服伊曲康唑胶囊进行系统治疗。