巧克力中胆固醇含量极低，每100克黑巧克力约含8毫克胆固醇，牛奶巧克力约含20毫克胆固醇。巧克力中的脂肪主要来源于可可脂，其饱和脂肪酸含量较高但胆固醇含量可忽略不计。
可可豆本身不含胆固醇，巧克力中的微量胆固醇主要来自加工过程中添加的乳制品成分。黑巧克力因乳制品添加量少，胆固醇含量显著低于牛奶巧克力或白巧克力。市售巧克力产品的胆固醇差异与可可固形物比例相关，70%以上可可含量的黑巧克力胆固醇通常低于5毫克/100克，而含全脂奶粉的牛奶巧克力可能达到15-25毫克/100克。代可可脂巧克力使用植物油脂替代可可脂，理论上不含胆固醇，但可能含反式脂肪酸。巧克力中的多酚类物质可能有助于调节血脂代谢，但高糖高热量特性仍需注意控制摄入量。特殊人群如高胆固醇血症患者选择巧克力时，可优先考虑高可可含量、低糖配方的产品。
日常食用巧克力建议选择可可含量超过70%的黑巧克力，单次摄入量控制在20-30克。搭配坚果或水果食用可延缓糖分吸收，避免与高胆固醇食物如动物内脏同食。对乳糖不耐受者需留意巧克力中的乳成分，血脂异常人群应咨询营养师制定个性化膳食方案。