巧克力的胆固醇含量通常不高，但需注意可可脂含量和食用量。巧克力中的胆固醇主要来源于添加的乳制品成分，纯黑巧克力几乎不含胆固醇。
市售巧克力根据可可含量可分为黑巧克力、牛奶巧克力和白巧克力。黑巧克力的可可固形物含量超过70%，其饱和脂肪酸以硬脂酸为主，这种脂肪酸在人体内可转化为油酸，对胆固醇代谢有中性或轻微正面影响。牛奶巧克力因添加全脂乳粉，每100克约含15-20毫克胆固醇，相当于每日建议摄入量的5%-7%。白巧克力不含可可固形物，但乳脂肪含量高，胆固醇水平与牛奶巧克力相近。代可可脂巧克力使用氢化植物油制作，虽然不含胆固醇，但反式脂肪酸可能降低高密度脂蛋白胆固醇。
可可多酚是巧克力的核心活性成分，具有调节低密度脂蛋白氧化敏感性的作用。研究表明每日摄入30克可可含量70%以上的黑巧克力，可使高密度脂蛋白胆固醇提升约5%。但巧克力作为高热量食品，过量摄入仍可能导致能量过剩，建议将巧克力纳入每日200-300千卡的零食配额中。有家族性高胆固醇血症的人群，宜选择可可含量85%以上且未添加乳脂的黑巧克力。
选购时注意查看营养成分表，避免含代可可脂和植物奶油的产品。食用时搭配高膳食纤维食物如燕麦、奇亚籽等，可延缓脂肪吸收。开封后的巧克力需密封避光保存，防止油脂氧化产生自由基。心血管疾病患者每日巧克力摄入量应控制在15克以内，且避免与咖啡因饮料同食。