正确使用避孕套能有效降低传染性疾病的传播概率，但无法完全杜绝风险。避孕套的防护效果与病原体种类、使用规范性、产品质量等因素有关。
避孕套对艾滋病、淋病、衣原体感染等通过体液传播的疾病具有显著防护作用。乳胶材质能阻隔大多数病毒和细菌，规范使用下防护效率较高。但皮肤直接接触部位如阴囊、会阴等未覆盖区域仍可能传播疱疹、尖锐湿疣等通过皮损接触传染的疾病。梅毒螺旋体可能通过未被覆盖的黏膜或微小皮损传播。避孕套破损、滑脱、过期或重复使用会大幅降低防护效果。
部分特殊病原体可能穿透避孕套材质。乙肝病毒颗粒较小，存在理论穿透可能。生殖器疱疹病毒可通过避孕套未覆盖的皮肤接触传播。人乳头瘤病毒可能通过避孕套边缘接触传播。避孕套无法防护阴虱、疥疮等寄生虫感染。使用油性润滑剂会导致乳胶降解，增加破裂风险。
建议选择符合国家标准的避孕套产品，使用前检查包装完整性。全程规范使用并配合水溶性润滑剂，避免指甲或尖锐物划破。高危性行为后应及时进行医学检测。存在多个性伴侣或暴露风险时应考虑暴露前预防用药。保持单一性伴侣和定期体检是更可靠的防护措施。