婴儿化验大便取样需使用清洁容器收集新鲜粪便，避免混入尿液或异物，取样量为黄豆大小即可。
准备一次性无菌粪便采集盒或干净塑料盒，在婴儿排便后立即用配套小勺从粪便不同部位挖取表层及内部样本。若使用尿不湿，需选择无吸水凝胶部分取样，避免样本脱水。腹泻时可选取黏液或脓血部分，便秘婴儿可用消毒棉签蘸取肛门周围粪便。样本需在1小时内送检，夏季高温时需冷藏保存但禁止冷冻。早产儿或免疫力低下婴儿取样前需用温水清洁肛门，防止污染。
送检前记录婴儿排便时间、性状及近期饮食变化。反复取样需间隔24小时以上，抗生素使用后需停药3天再检测。若粪便出现陶土色、柏油样等异常需单独标注，早产儿粪便检测需提前告知实验室。取样后立即密封容器，标注婴儿姓名、年龄及取样时间，避免阳光直射或高温存放。
注意观察婴儿排便习惯，腹泻婴儿需在症状出现2小时内取样，血便样本需冷藏并优先送检。取样前后持续母乳喂养可提高检测准确性，配方奶喂养婴儿需记录奶粉品牌。送检时向医生说明婴儿近期用药史、过敏史及疫苗接种情况，早产儿或低体重儿需额外注明矫正月龄。