牙疼时甲硝唑和替硝唑均可用于治疗，但具体选择需根据感染类型、药物耐受性等因素决定。甲硝唑对厌氧菌感染效果显著，替硝唑作用时间更长且胃肠道反应较轻。
甲硝唑和替硝唑均属于硝基咪唑类抗菌药物，针对牙周炎、根尖周炎等厌氧菌感染引起的牙疼均有疗效。甲硝唑抗菌谱广，能有效抑制牙龈卟啉单胞菌等口腔常见厌氧菌，但可能引起恶心、金属味等不良反应。替硝唑的血药浓度维持时间较甲硝唑延长，每日用药次数减少，对胃肠黏膜刺激更小，适合需长期用药或胃肠道敏感者。两者均需避免与酒精同服，用药期间可能出现尿液深色变化。
甲硝唑价格相对较低，但部分患者可能出现头痛、眩晕等中枢神经系统反应。替硝唑代谢产物对肝脏负担较小，肝功能异常者需谨慎调整剂量。妊娠期女性禁用甲硝唑，替硝唑在妊娠中晚期相对更安全。两种药物均可能引起白细胞减少，长期使用需监测血常规。
建议在医生指导下根据感染严重程度、既往用药史选择药物。牙疼期间应保持口腔清洁，避免过硬过冷食物刺激，若用药后疼痛未缓解或出现发热肿胀，需及时就医排查颌骨骨髓炎等并发症。日常可使用含氯己定的漱口水辅助控制菌斑，定期洁牙预防牙周疾病复发。