肛瘘通常不能自愈，主要与瘘管结构特殊、感染持续存在、局部血液循环差、肛门括约肌功能影响以及组织修复障碍等因素有关。
1、瘘管结构特殊
肛瘘由内口、瘘管和外口组成，瘘管多为弯曲狭窄的管道结构，内口常位于肛门直肠交界处的隐窝内。这种特殊结构导致脓液和分泌物难以彻底引流，细菌容易在瘘管内滋生并反复感染。即使外口暂时闭合，内口仍持续开放，感染源无法清除。治疗需手术切开瘘管或挂线引流，彻底清除坏死组织。
2、感染持续存在
肛瘘多继发于肛周脓肿破溃后，瘘管内长期存在大肠杆菌、厌氧菌等混合感染。肛门部位潮湿密闭的环境有利于细菌繁殖，日常排便时粪便污染会加重感染。部分患者可能合并克罗恩病、结核等特殊感染，普通抗感染治疗难以奏效。临床常用头孢克肟分散片、甲硝唑片等药物控制急性感染，但根治仍需手术。
3、局部血液循环差
肛门周围软组织血液供应相对较差，尤其是瘘管壁因慢性炎症会出现纤维化改变，进一步影响局部微循环。这使得药物难以通过血液到达病灶部位，组织修复所需的营养物质和免疫细胞输送不足。患者常表现为创面愈合缓慢，术后换药时需要配合红外线照射等物理治疗改善血运。
4、括约肌功能影响
肛瘘瘘管常穿越肛门括约肌群，日常排便时括约肌的收缩运动会反复牵拉瘘管，导致创面难以稳定愈合。高位复杂性肛瘘可能涉及深层肌肉，自行愈合概率更低。手术需根据瘘管与括约肌的关系选择瘘管切开术、挂线术等，既要根治病变又要保护肛门功能。
5、组织修复障碍
慢性炎症会导致瘘管周围组织纤维化，成纤维细胞过度增殖但新生血管形成不足，这种病理改变阻碍了正常肉芽组织生长。糖尿病患者、免疫力低下者更易出现修复障碍。术后可局部使用康复新液促进创面愈合，必要时需进行二期缝合手术。
肛瘘患者日常需保持肛门清洁，排便后可用温水坐浴10-15分钟，避免久坐压迫患处。饮食应清淡易消化，适当增加膳食纤维摄入防止便秘。内裤选择纯棉透气材质，避免局部潮湿刺激。若出现红肿热痛等急性感染表现，应及时就医处理，不可自行挤压或使用偏方。术后恢复期需定期复查，观察创面愈合情况。