肛瘘通常不能自愈，建议手术治疗。肛瘘是肛周脓肿破溃或切开引流后形成的慢性感染性管道，由于内口持续存在感染源，管道难以自行闭合。
肛瘘的病理特点是内口位于肛窦，外口位于肛周皮肤，两者之间形成纤维化管道。由于粪便和细菌反复通过内口进入管道，导致慢性炎症持续存在。即使外口暂时愈合，内口未处理仍会再次感染发作。临床观察显示，单纯使用抗生素或局部换药仅能暂时控制症状，无法根治病灶。部分患者可能因免疫力增强或感染轻微出现短暂缓解，但多数会在劳累、腹泻或免疫力下降时复发。
极少数表浅单纯性肛瘘可能因感染源消除而闭合，但这种情况概率极低且缺乏长期随访证据。婴幼儿肛瘘因发育过程中腺体退化偶见自愈案例，但成人自愈可能性微乎其微。若长期不治疗可能继发复杂性肛瘘、肛门失禁等严重并发症。
肛瘘确诊后应尽早就医评估手术方案，常见术式包括瘘管切开术、挂线疗法等。术后需保持肛门清洁，避免辛辣刺激饮食，定期复查直至创面完全愈合。拖延治疗可能导致多次手术风险增加，影响肛门功能恢复。