卵巢囊肿切除后是否影响生育需结合手术方式和囊肿性质判断，多数情况下对生育功能无明显影响。
卵巢囊肿手术若为单纯囊肿剔除术且保留正常卵巢组织，术后卵巢功能通常可恢复正常。生理性囊肿如黄体囊肿、滤泡囊肿切除后，卵巢排卵功能不受影响。良性肿瘤如浆液性囊腺瘤、成熟畸胎瘤等经规范手术处理，剩余卵巢组织仍具备激素分泌和卵泡发育能力。手术中医生会尽量保护健康卵巢皮质，避免过度电凝止血导致卵巢储备下降。术后3-6个月月经周期恢复后，超声监测显示卵泡正常生长者，自然受孕概率与常人相近。
少数情况下，双侧卵巢囊肿体积过大需行卵巢切除术，或恶性肿瘤需扩大手术范围时，可能造成卵巢功能永久性丧失。子宫内膜异位囊肿巧克力囊肿复发多次手术者，卵巢皮质损伤累积可能导致卵泡数量减少。术中若发生卵巢供血血管意外损伤，也可能引起卵巢早衰。这类患者术后需通过血清抗苗勒管激素检测评估卵巢储备功能，必要时考虑辅助生殖技术助孕。
术后应定期复查妇科超声和性激素六项，监测排卵情况。备孕前建议进行生育力评估，包括基础卵泡刺激素、窦卵泡计数等指标。保持规律作息，避免过度焦虑，均衡摄入含维生素E和锌的食物如坚果、深海鱼等有助于卵巢功能恢复。若术后1年未孕，应及时到生殖中心排查其他不孕因素。