肺泡蛋白沉积症的严重程度因人而异，部分患者可能无明显症状，部分患者可能出现进行性呼吸困难等严重表现。肺泡蛋白沉积症可能与自身免疫异常、基因突变、粉尘暴露等因素有关，需结合具体病情评估。
多数患者早期仅表现为轻度活动后气短或干咳，肺功能检查显示轻度限制性通气障碍，胸部影像学可见特征性磨玻璃样改变。这类患者通常无须紧急干预，但需定期复查肺功能和高分辨率CT，部分病例可能自行缓解。对于稳定期患者，医生可能建议观察等待或尝试支气管肺泡灌洗治疗，该操作通过生理盐水冲洗肺泡改善通气功能。
少数进展期患者会出现静息状态下呼吸困难、口唇发绀等低氧血症表现，肺弥散功能显著下降，可能继发肺部感染或呼吸衰竭。这类患者需要积极治疗，除全肺灌洗术外，可能需联合粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子雾化吸入治疗。极少数患者因继发肺纤维化最终需要肺移植。
建议确诊患者避免吸烟及粉尘暴露，保持适度有氧运动增强肺功能储备，出现发热或痰量增多时应警惕肺部感染。定期随访中需监测动脉血氧分压和6分钟步行距离等指标，及时调整治疗方案。妊娠期患者需由呼吸科与产科医生共同评估风险。