判断色素沉积还是蛀牙主要通过观察颜色变化、质地改变以及伴随症状区分。色素沉积通常表现为牙齿表面均匀的黄色或褐色斑块且无疼痛感，蛀牙则会出现局部发黑、龋洞形成并伴随冷热敏感或疼痛。
色素沉积多由长期饮用咖啡茶饮、吸烟或食用深色食物导致，色素仅附着在牙釉质表面，用牙科探针刮擦时无粗糙感，牙龈及牙周组织无异常。日常刷牙无法清除顽固色素，但可通过超声波洁牙或喷砂抛光去除，对牙齿结构无实质性损害。
蛀牙早期表现为牙面白垩色脱矿斑块，随病情进展形成褐色或黑色龋洞，探针检查可感知质地松软。典型症状包括进食酸甜冷热食物时短暂刺痛，夜间自发痛提示牙髓受累。邻面龋需配合牙线检查，咬合面龋可能出现食物嵌塞。X线片能显示龋坏深度，浅龋可通过氟化物再矿化治疗，中深度龋需去腐后树脂充填。
建议每半年进行口腔检查，色素沉积者减少染色食物摄入并使用含焦磷酸钠的牙膏，怀疑蛀牙时应及时拍摄根尖片明确病变范围。儿童乳牙色素沉着需与氟斑牙鉴别，成人后牙区隐匿性龋坏建议使用龋齿检测仪辅助诊断。