乙肝通常比甲肝更严重，但具体严重程度需结合病情发展阶段判断。甲肝多为急性感染且可自愈，乙肝可能转为慢性并导致肝硬化和肝癌。
甲肝属于急性病毒性肝炎，主要通过粪-口途径传播，多数患者表现为乏力、食欲减退和黄疸等症状，病程通常为1-2个月，通常不会发展为慢性肝炎。甲肝疫苗可有效预防感染，治愈后一般不会留下后遗症。乙肝则通过血液、母婴和性接触传播，部分患者感染后可能转为慢性肝炎，长期携带病毒。慢性乙肝可能经历肝炎反复发作，逐渐发展为肝纤维化、肝硬化甚至肝癌。乙肝病毒在肝细胞内长期存在，可能持续肝损伤。
甲肝病毒不会整合到宿主基因组中，感染后通常产生终身免疫力。乙肝病毒可能整合到肝细胞DNA中，导致长期携带状态。甲肝治疗以对症支持为主，慢性乙肝需要长期抗病毒治疗，如恩替卡韦片、富马酸替诺福韦二吡呋酯片等药物抑制病毒复制。甲肝患者康复后肝功能多可恢复正常，慢性乙肝患者需定期监测肝功能和病毒载量。
预防甲肝应注意饮食卫生和接种疫苗，预防乙肝需避免高危行为并接种疫苗。无论甲肝还是乙肝患者，都应戒酒、避免肝毒性药物、保持规律作息。出现持续乏力、腹胀或皮肤黄染等症状时，应及时就医进行肝功能检查和病毒学检测，根据医生建议进行规范治疗。