头部CT和磁共振的主要区别在于成像原理、适用场景和检查侧重点。头部CT适合快速排查急性出血、骨折等，磁共振则更擅长显示软组织病变如脑肿瘤、炎症等。
头部CT利用X射线断层扫描，成像速度快，对钙化、出血等密度差异大的病变敏感度高，检查过程无特殊禁忌，但存在电离辐射。磁共振基于氢原子核在磁场中的共振信号成像，无辐射风险，可多参数、多平面重建，对脑白质病变、早期梗死等显示更清晰，但检查时间长，对体内金属植入物患者有限制。
两种检查在临床中存在互补关系。急诊疑似脑卒中患者通常首选CT排除出血，磁共振则用于后续明确梗死范围。脑肿瘤术前评估多需结合CT观察骨质破坏和磁共振判断肿瘤边界。对于癫痫患者，磁共振能发现微小结构异常，而CT主要用于排除继发性病因。
检查前需根据具体症状和医生建议选择。磁共振检查前需去除所有金属物品，有心脏起搏器或幽闭恐惧症者需提前告知。CT检查后一般无须特殊处理，但孕妇儿童应谨慎选择。两种检查均无须空腹，但增强扫描需提前进行肾功能评估。