普通B超一般能看出部分胎儿畸形，但无法检出所有结构异常。胎儿畸形的检出率与孕周、畸形类型、设备分辨率及操作者经验有关。
普通B超在孕20-24周系统筛查时可识别明显的结构异常，如无脑儿、严重脊柱裂、重大心脏畸形、肢体缺如等。此时胎儿器官发育较完善，羊水量适中，超声显像清晰度较高。对于脑室增宽、唇裂、多指等较细微的畸形，在胎儿体位配合的情况下也可能被发现。检查时会重点观察颅脑、脊柱、四肢、胸腹腔脏器及胎盘羊水情况。
部分微小畸形如耳廓形态异常、手指脚趾数目异常、轻度尿道下裂等可能漏诊。某些功能异常如听力障碍、代谢性疾病无法通过超声显现。复杂心脏畸形若伴有血流动力学改变不明显时，普通B超可能难以识别。消化道闭锁等随时间进展的畸形，在孕晚期才可能被发现。
建议孕妇按时完成孕11-13周NT超声、20-24周系统超声及30-32周生长超声三次关键检查。发现异常时可进一步进行胎儿心脏超声、三维超声或磁共振检查。孕期保持规律作息，避免接触致畸因素，配合医生完成产前筛查与诊断流程。