长期过量服用维生素B2可能引起尿液发黄、胃肠不适等副作用，但按推荐剂量服用通常安全。维生素B2是水溶性维生素，多余部分会随尿液排出，一般不会在体内蓄积。
维生素B2参与能量代谢和细胞呼吸链反应，正常饮食通常可满足需求。过量摄入可能导致尿液呈现亮黄色，这是未被吸收的核黄素经肾脏排出的正常现象，无须特殊处理。部分人群可能出现恶心、腹泻等胃肠刺激症状，与空腹服用或剂量过大有关。极少数情况下长期超量补充可能干扰其他B族维生素的代谢平衡，但日常补充剂量极少引发严重问题。
对维生素B2过敏者可能出现皮肤瘙痒、皮疹等过敏反应，需立即停用。先天性核黄素代谢障碍患者长期补充可能加重代谢负担，这类人群需严格遵医嘱调整剂量。肾功能不全者排泄能力下降时，长期超量服用存在理论上的蓄积风险，但临床报道罕见。
建议通过均衡饮食获取维生素B2，动物肝脏、蛋类、乳制品、深绿色蔬菜等均为良好来源。成人每日推荐摄入量为1.2-1.4毫克，孕妇乳母可增至1.6毫克。若需长期补充制剂，应选择复合B族维生素而非单一成分，并定期评估实际需求。服用期间出现持续不适或过敏症状应及时就医，避免自行调整剂量。