宝宝肺炎衣原体阳性通常会好，多数情况下经过规范治疗可以痊愈。肺炎衣原体感染属于呼吸道常见病原体，病程具有自限性，但需及时干预以避免并发症。
肺炎衣原体感染在儿童中多表现为轻度呼吸道症状，如咳嗽、低热等。通过口服大环内酯类抗生素如阿奇霉素干混悬剂、罗红霉素颗粒或克拉霉素片等药物，配合充分休息和适量饮水，症状一般在1-2周内逐渐缓解。治疗期间需保持室内空气流通，避免交叉感染。多数患儿在完成疗程后复查转阴，肺功能可完全恢复。
少数免疫功能低下或存在基础疾病的患儿可能出现病情迁延，表现为持续咳嗽超过4周、反复发热或肺部影像学异常。这类情况需考虑合并其他病原体感染或存在支气管黏膜损伤，可能需要延长抗生素疗程或联合雾化治疗。早产儿或先天性心脏病患儿更易出现中耳炎、鼻窦炎等并发症，需加强监测。
家长应遵医嘱完成全程药物治疗，避免自行停药。观察患儿精神状态、进食量和呼吸频率，若出现呼吸急促、口唇发绀或嗜睡需立即复诊。恢复期可适当补充维生素A和锌制剂促进呼吸道黏膜修复，但无须过度使用免疫增强剂。日常注意手卫生和佩戴口罩，减少人群密集场所暴露，有助于预防再次感染。