胃肠间质瘤可能是良性也可能是恶性的，具体性质需通过病理检查确定。胃肠间质瘤的生物学行为从惰性到高度恶性不等，主要取决于肿瘤大小、核分裂象计数及发生部位等因素。
体积较小且核分裂象少的胃肠间质瘤通常表现为良性特征，这类肿瘤生长缓慢，边界清晰，手术完整切除后复发概率较低。临床观察发现于胃部的肿瘤相对预后更好，部分病例甚至可长期稳定无需干预。但即使病理学表现温和，所有胃肠间质瘤均存在潜在恶性倾向，需要定期随访监测。
当肿瘤直径超过5厘米或每50个高倍视野核分裂象超过5个时，恶性风险显著增加。这类肿瘤易侵犯周围组织，可能伴随出血、坏死等病理改变，术后复发转移风险较高。小肠来源的肿瘤恶性倾向更为明显，部分病例确诊时已发生肝脏或腹膜转移。基因检测显示c-kit或PDGFRA基因突变类型也与恶性程度相关。
建议确诊胃肠间质瘤后完善增强CT等影像学评估，根据危险度分级制定个体化治疗方案。低危患者可考虑内镜下切除或定期复查，中高危患者需完整手术切除并考虑靶向药物辅助治疗。术后应每3-6个月复查腹部影像，持续监测复发迹象。日常注意保持规律饮食，避免辛辣刺激食物，出现腹痛、黑便等异常症状及时就医。