苦荞茶一般无明显副作用，但过量饮用可能引起胃肠不适、低血糖或过敏反应。苦荞茶含有黄酮类化合物、膳食纤维等成分，适合多数人群适量饮用。
苦荞茶中膳食纤维含量较高，短期内大量摄入可能刺激胃肠黏膜，导致腹胀、腹泻等症状，尤其对胃肠功能较弱者影响更明显。饮用时建议避免空腹，初次尝试者可减少冲泡浓度。茶饮中的芦丁等活性成分可能增强胰岛素敏感性，糖尿病患者联合降糖药物使用时需警惕血糖波动，但正常人群常规饮用通常不会引发低血糖。极少数体质敏感者可能对苦荞中的蛋白质成分产生过敏反应，表现为皮肤瘙痒、红疹等，既往有谷物过敏史者应谨慎尝试。
苦荞茶性质偏寒凉，长期过量饮用可能影响脾胃功能，出现食欲减退、手脚冰凉等虚寒症状。经期女性或体质虚寒者可减少饮用量或搭配红枣、生姜等温性食材。苦荞茶与部分药物可能存在相互作用，如抗凝血药物华法林，因茶中维生素K可能影响药效，建议服药与饮茶间隔2小时以上。
日常饮用苦荞茶建议每日不超过800毫升，冲泡浓度以淡黄色为宜。出现不适症状应立即停用，过敏体质者初次饮用可先少量测试。特殊人群如孕妇、术后患者饮用前建议咨询医师，确保饮用安全性与适宜性。