接种乙脑疫苗后仍有概率感染脑炎，但概率极低。乙脑疫苗可有效预防乙型脑炎病毒引起的脑炎，对其他病原体导致的脑炎无防护作用。
乙脑疫苗针对乙型脑炎病毒具有高度保护效力，接种后产生抗体的概率超过95%，能显著降低乙型脑炎发病风险。疫苗保护期通常持续5-10年，完成全程接种后突破性感染罕见。但脑炎病因复杂，除乙型脑炎病毒外，肠道病毒、单纯疱疹病毒、结核杆菌等数十种病原体均可引发脑炎。疫苗接种者若接触这些病原体仍可能发病。
免疫功能低下人群可能出现疫苗应答不足，抗体产生水平较低。疫苗接种后未及时产生足够抗体前暴露于病毒环境，或病毒发生重大变异导致疫苗保护力下降，均属极端特殊情况。临床数据显示，接种疫苗后发生乙型脑炎的病例不足万分之一，且多为非典型感染。
出现持续发热、头痛呕吐、意识障碍等脑炎症状时，无论是否接种疫苗都需立即就医。日常需做好防蚊措施，避免蚊虫叮咬传播病原体，保持良好卫生习惯。疫苗接种后仍需关注异常神经系统症状，但无须过度担忧。