阻生齿牙根没拔干净可能导致局部感染、邻牙损伤或囊肿形成。残留牙根可能引发慢性炎症、骨质吸收或神经压迫症状，需通过影像学检查评估后决定是否二次手术。
残留牙根可能成为细菌滋生的温床，导致拔牙窝反复红肿疼痛。食物残渣容易嵌塞在残留牙根周围，形成局部厌氧环境，诱发干槽症或局限性骨髓炎。长期慢性炎症刺激可能破坏周围牙槽骨结构，影响邻近磨牙的稳固性。部分患者会出现张口受限、放射性耳痛等神经刺激症状，尤其在智齿靠近下牙槽神经管时风险更高。
少数情况下残留牙根可能被纤维组织包裹形成根尖肉芽肿，随时间推移发展为颌骨囊肿。囊肿增大可压迫邻牙牙根导致吸收，或侵蚀下颌骨皮质造成病理性骨折风险。若残留牙根位置较深且无临床症状，部分患者可能终身无明显不适，但需定期口腔检查监测变化。糖尿病患者或免疫力低下人群更易继发严重感染，可能出现颌面部间隙感染等并发症。
建议术后出现持续疼痛、异味分泌物或面部肿胀时及时复诊。口腔全景片或锥形束CT能准确定位残留牙根位置与深度，评估周围神经血管关系。日常需加强口腔卫生护理，使用冲牙器清理拔牙创口，避免用患侧咀嚼硬物。术后3-6个月应复查影像，确认牙槽骨愈合情况与残留牙根是否发生位移。