头痛患者选择CT或磁共振需根据病情决定，CT更适合排查急性出血或骨折，磁共振对软组织病变和早期脑梗更敏感。主要影响因素有头痛性质、伴随症状、基础疾病等。
CT检查速度快且对钙化、出血敏感，适合突发剧烈头痛伴呕吐或外伤后头痛，能快速识别蛛网膜下腔出血、脑挫裂伤等急症。磁共振无辐射且分辨率高，可清晰显示垂体瘤、听神经瘤等微小病变，对偏头痛、丛集性头痛等慢性头痛的病因排查更具优势。两者在血管成像方面各有特点，CT血管造影操作简便，磁共振血管成像无须注射造影剂。
CT对骨质结构显示优于磁共振，但存在电离辐射，孕妇儿童需谨慎选择。磁共振检查时间长且对金属植入物有限制，幽闭恐惧症患者可能难以耐受。部分基层医院磁共振设备配置不足，急诊情况下CT仍是首选。特殊类型头痛如三叉神经痛可能需要结合两种检查综合判断。
建议头痛患者就诊时详细描述疼痛特点、持续时间及诱发因素，由神经科医生评估后选择针对性检查。检查前应去除金属物品，磁共振检查需提前确认体内无金属植入物。长期反复头痛或检查结果异常者需定期随访，必要时进行腰椎穿刺等补充检查。