头痛患者选择CT还是磁共振需根据病情决定，CT更适合排查急性出血或颅骨病变，磁共振对软组织及神经结构显示更清晰。
CT检查速度快且对钙化、出血敏感，适合突发剧烈头痛或外伤后头痛的初步筛查，能快速识别脑出血、蛛网膜下腔出血等急症。磁共振无辐射且多参数成像，对脑肿瘤、炎症、血管畸形等慢性头痛病因分辨率高，尤其对后颅窝病变显示优于CT。两者各有侧重，临床常需结合病史和体征选择。
CT的局限性在于对早期脑梗死、微小肿瘤等显示不足，且存在电离辐射。磁共振检查时间长且对体内金属植入物有限制，幽闭恐惧症患者可能难以耐受。部分情况下需两者互补，如怀疑动脉瘤时CT血管造影联合磁共振血管成像可提高诊断准确性。
头痛患者检查前应详细告知医生病史、过敏史及体内金属植入情况，避免空腹进行磁共振检查。检查后保持充足休息，若出现恶心、眩晕等不适需及时告知医护人员。日常注意记录头痛发作频率、持续时间及伴随症状，避免过度劳累和情绪波动，控制咖啡因摄入量，这些信息有助于医生更精准地选择影像学检查方式。