自身免疫性脑炎通常可以治好，多数患者经过规范治疗后症状可明显改善或完全缓解。治疗效果与发病机制、抗体类型、治疗时机等因素相关，早期干预有助于提高预后。
自身免疫性脑炎的治疗核心是免疫调节和症状控制。糖皮质激素冲击治疗是首选方案，常用甲泼尼龙琥珀酸钠注射液、地塞米松磷酸钠注射液等药物抑制过度免疫反应。对于重症或激素效果不佳者，可联合静脉注射免疫球蛋白或血浆置换清除致病抗体。部分患者需使用利妥昔单抗注射液等生物制剂靶向干预B细胞。伴随癫痫发作时需联用抗癫痫药物如左乙拉西坦片、丙戊酸钠缓释片控制症状。治疗期间需定期复查脑脊液抗体滴度及脑电图评估疗效。
少数患者可能遗留认知障碍或运动功能障碍，多见于抗NMDAR脑炎延迟治疗者。极少数复发型病例需长期小剂量免疫抑制剂维持，如硫唑嘌呤片、吗替麦考酚酯胶囊等。合并肿瘤者需同步处理原发病灶。儿童患者预后通常优于成人，但需警惕激素对生长发育的影响。部分抗体如抗GABABR阳性者易合并小细胞肺癌，需加强肿瘤筛查。
康复期应保证充足营养摄入，适当补充维生素B族和优质蛋白促进神经修复。避免剧烈运动或情绪激动，逐步进行认知训练和肢体功能锻炼。定期随访监测抗体水平，警惕感染诱发复发。出现头痛加重或精神行为异常需及时复诊调整治疗方案。多数患者经1-2年规范管理后可恢复正常生活。