真菌可以产生抗生素，部分抗生素如青霉素、头孢菌素等均由真菌代谢产生。
真菌在自然环境中通过次级代谢途径合成抗生素，这类物质能抑制或杀灭其他微生物。青霉菌分泌的青霉素可破坏细菌细胞壁合成，对革兰氏阳性菌效果显著；产黄青霉产生的灰黄霉素能干扰真菌微管蛋白形成，用于皮肤癣菌感染治疗。部分土壤中的链霉菌虽非真菌，但放线菌类也能产生链霉素等广谱抗生素，其作用机制与真菌产物类似。
真菌产生抗生素的能力与其生存竞争相关。曲霉属真菌分泌的环孢素具有免疫抑制作用，临床用于器官移植抗排斥；红曲霉代谢的莫纳可林类物质能调节血脂。这些代谢产物需经提纯和结构改造才能成为临床药物，部分天然抗生素因毒性或稳定性问题已被合成衍生物替代。
日常接触真菌发酵食品如腐乳、酱油不会摄入抗生素活性成分，但长期滥用抗生素可能导致耐药性。若出现感染症状应就医评估，避免自行使用真菌培养物治疗。保持环境干燥通风有助于减少有害真菌滋生，接触土壤或腐败植物后需彻底清洁双手。