适量饮用黑苦荞茶通常无显著危害，但过量或特殊体质人群可能引发胃肠不适、低血糖、过敏反应等问题。黑苦荞茶含有黄酮类化合物及膳食纤维，需结合个体情况调整饮用方式。
黑苦荞茶的主要活性成分包括芦丁、槲皮素等黄酮类物质，可能刺激胃肠黏膜，空腹饮用易导致反酸、腹胀。其膳食纤维含量较高，短期内大量摄入可能引起腹泻。黑苦荞茶具有辅助调节血糖的作用，糖尿病患者联合降糖药使用时需警惕低血糖风险。少数人群对荞麦蛋白过敏，饮用后可能出现皮肤瘙痒、呼吸道水肿等过敏反应。长期过量饮用可能影响矿物质吸收，尤其是铁、锌等微量元素的生物利用率。
特殊人群需特别注意：孕妇大量饮用可能增加子宫收缩风险；术后患者因凝血功能变化，应限制含芦丁饮品的摄入；甲状腺功能异常者需谨慎，因苦荞中的硫苷类物质可能干扰碘代谢。冲泡浓度过高时，茶汤中的单宁酸会加重消化道负担，建议每日饮用不超过500毫升，且避免与含钙食物同食。
饮用黑苦荞茶建议选择餐后1小时温服，初次尝试者应从低浓度开始逐步适应，出现心慌、出冷汗等低血糖症状时应立即停用并补充碳水化合物。储存时需密封防潮以避免霉变产生有毒物质，合并慢性疾病或长期服药者饮用前应咨询医师意见。日常可搭配红枣、枸杞等温性食材平衡茶性，经期女性及体质虚寒者应减量饮用。