阴茎发育不良可能影响生育能力，具体需根据发育不良的严重程度和是否伴随其他生殖系统异常综合判断。阴茎发育不良可能与激素水平异常、染色体疾病、先天性发育缺陷等因素有关。
轻度阴茎发育不良但睾丸功能正常、精液质量达标者，通常不影响自然受孕。这类患者阴茎长度可能略低于平均值，但勃起功能和射精功能正常，精子可通过性交进入女性生殖道完成受精。部分患者可能存在心理压力导致性功能障碍，需配合心理疏导。
中重度发育不良或合并隐睾、尿道下裂等畸形时，可能直接导致生育障碍。阴茎过短可能无法完成有效性交，伴随的睾丸功能障碍会进一步影响精子生成。部分染色体异常如克氏综合征患者除阴茎短小外，常伴有无精症，需通过辅助生殖技术解决生育问题。
建议存在阴茎发育不良的男性尽早就诊泌尿外科或生殖医学科，完善激素检测、精液分析、染色体检查等评估生育潜力。轻度患者可通过性行为指导改善受孕概率，重度患者可能需要手术矫正或采用人工授精、试管婴儿等辅助生殖技术。日常需避免过度焦虑，保持规律作息和均衡饮食，避免接触环境内分泌干扰物。备孕前3-6个月应戒烟限酒，适量补充锌、硒等微量元素有助于精子质量提升。