阴茎发育不良可能影响生育功能，具体需根据发育不良的严重程度及是否伴随其他生殖系统异常综合判断。阴茎发育不良主要与激素水平异常、染色体疾病、先天性发育缺陷等因素有关。
阴茎发育不良若仅表现为外观短小但功能正常，通常不影响精子输送和性交能力。这类患者睾丸生精功能、精液质量若正常，仍可能自然生育。但需注意心理因素可能通过性功能障碍间接影响受孕概率。
当阴茎发育不良合并尿道下裂、隐睾等畸形时，可能因精液排出障碍或睾丸温度调节异常导致不育。重度发育不良如隐匿性阴茎或两性畸形，常伴随生精功能障碍，需通过生殖技术辅助生育。部分染色体异常如克氏综合征患者，阴茎发育不良多伴随无精症，需借助供精人工授精。
建议存在阴茎发育不良的育龄男性进行生殖系统全面评估，包括精液分析、性激素检测和超声检查。日常应避免高温环境，规律作息，保证蛋白质和锌元素摄入。若确诊生育功能障碍，可考虑显微取精联合试管婴儿技术，或通过阴茎延长术改善性生活质量。心理疏导对维持正常性功能尤为重要，必要时可寻求专业心理咨询。