肛瘘的发病率占整个肛肠疾病的1/4，仅次于痔病而居第二位。
　　肛瘘多是因肛周脓肿溃破，或手术后遗造成的。如果一旦形成肛瘘，应尽早手术，因为肛瘘拖延日久，炎症就会逐渐蔓延，组织被侵蚀、腐烂，面积逐渐扩大，不仅可以派生支管，还可以向深部组织侵犯，特别是蔓延于肛门括约肌及肛管直肠环上。
　　有时，肛瘘虽然可以暂时闭合，但这是假愈合，管道内仍残留未彻底消灭的细菌和坏死组织等，如果抵抗力下降或遇到一定的诱因，如过食辛辣刺激厚味，或受凉腹泻等，肛周的炎症就可复发，如此反复不愈。若闭合口较坚固，瘘管内的脓液可在另一薄弱地方破溃成新的瘘道，如此反复，瘘管就会逐渐增多。
　　因为长期反复流脓不愈，影响健康。所以患了肛瘘如客观条件不允许时，给予保守治疗是必要的，但不会治愈肛瘘，肛瘘要完全愈合必须依赖手术治疗，且越早越好。