生殖器疱疹多发于外生殖器、肛门周围、会阴、大腿内侧等部位，少数可出现在口腔、手指等非典型区域。
1、外生殖器
男性常见于阴茎包皮、龟头、冠状沟，女性多见于大小阴唇、阴道口，表现为簇集性水疱伴灼痛。
2、肛门周围
肛周皮肤黏膜交界处易受病毒侵犯，同性性行为者更常见，可能伴随排便疼痛或里急后重感。
3、会阴区域
包括阴阜、会阴体等部位，皮肤薄嫩处易出现糜烂面，女性可能累及宫颈导致分泌物增多。
4、非典型部位
通过接触传播可发生于手指（疱疹性瘭疽）、口腔黏膜等，需与单纯疱疹鉴别。
日常需保持患处清洁干燥，避免搔抓，急性期禁止性接触，复发频繁者可遵医嘱进行抗病毒抑制治疗。