第一，病因不同。卵巢囊肿有可能和遗传因素，内分泌失调，不良的生活习惯，不当的饮食结构以及卵巢受到刺激或者人流宫腔手术等等因素有关。而畸胎瘤是因为在胚胎阶段个人的生殖细胞出现异常分化所造成的。第二，出现的部位不一样。卵巢囊肿也就是会出现在女性卵巢的部位。畸胎瘤可能会是出现在腹部，也有可能会有颅内的畸胎瘤，卵巢内部的畸胎瘤以及男性睾丸部位的畸胎瘤。卵巢畸胎瘤是畸胎瘤的一种，并不是所有的。第三，治疗方法不一样。对于畸胎瘤一般需要采取手术治疗，而卵巢囊肿多数可以考虑保守治疗，只有一小部分比较大的、比较严重的才需要手术的。