肛门外伤如果是开放性损伤容易诊断，闭合性损伤诊断较难。早期确诊十分重要，如果延误病情导致大范围感染、肛门功能将受到严重影响。因此需要详细的追问病史，问清致伤的情况、姿势、部位和时间、致伤物的形状、大小、刺入方向和深浅、坠落高度、致伤物是否取出、有无出血及出血量情况。在鉴别上需要与陈旧性损伤相鉴别，除视诊可见肛门处有原手术或者外伤瘢痕畸形，有粪便沾染等。直肠指诊见肛门松弛或者括约肌收缩无力等，临床诊断可确立。同时应该排除原发于神经系统和结肠传输功能异常者。可通过直肠指诊、肌电图、钡剂灌肠x线造影等检查加以区别。