（一）局部治疗
10％～25％足叶草脂酊或0.5％足叶草毒素外用，每日2次，后者浓度低，局部刺激性小，吸收后中毒的可能性极少。
5％5-氟尿嘧啶霜或5-氟尿嘧啶注射液（250mg/10m1）外用每日1～2次，疗效较好。
3％肽丁胺霜外用每日2次，本药刺激性小，疗效较好。
80％～90％三氯醋酸溶液，只涂于疣体上，涂后用滑石粉去除未发生反应的酸液。
（二）理疗
1．CO2激光治疗局麻下通常一次即可治愈，治愈率90％以上。
2．高频电刀电灼治疗局麻下治疗，疗效同激光。
3．液氮冷冻疗法。
（三）内用疗法可肌注干扰素，内服阿昔洛韦等。
尖锐湿疣的常用治疗方法
目前治疗尖锐湿疣主要是以外治为主，内治为辅。外治的方法很多，有药物治疗、冷冻治疗、激光治疗、微波治疗、电烧治疗、手术治疗等。它们各有其适应症，其治愈率在50％～80％之间。药物治疗方便，易于操作，但一般需要重复数次，而且有些药物有灼伤粘膜的可能。激光治疗、冷冻治疗、微波治疗需要术者有高超的技艺，准确地破坏病变组织。
１、冷冻疗法
是一种皮肤科常用的治疗方法，它是以液氮或二氧化碳干冰冷冻皮肤病损，使皮肤损害局部水肿、坏死，以达到治疗的目的。尖锐湿疣是由于尖锐湿疣病毒的感染，导致皮肤粘膜的良性增生。它有大量的小血管，增殖迅速。用冷冻的方法可使尖锐湿疣内结冰，形成组织局部的高度水肿，从而破坏疣体。冷冻治疗的最大好处是局部不留痕迹，治愈率约70％左右。可用喷雾法或直接接触法，适用于平坦较小的疣体。一般每周冷冻1次，连续2～3次。
２、激光治疗
是皮肤性病科常用的治疗尖锐湿疣的方法。它的特点是见效快，在治疗的当时，疣体即可脱落。常用的是二氧化碳激光，烧灼疣体，一般1次即可使疣体脱落。但是，由于激光的光束过于集中的原故，激光治疗只适用于疣体较小的尖锐湿疣，如疣体较大，激光治疗很容易复发。
３、微波治疗
是进入90年代后兴起的治疗方法。它的原理是利用微波的高频震动，使疣体内部水分蒸发，坏死脱落。微波治疗的特点是，疣体破坏彻底，不易复发，但创面恢复较慢，容易继发感染。所以微波治疗特别适用于治疗疣体较大的，孤立、散在的，同时要远离包皮系带的尖锐湿疣，以防损伤包皮系带，影响男性的性功能。
４、电烧灼
是较老的一种治疗方法。过去皮肤科医师常用高频电刀或电烙铁烧灼寻常疣、色素痣及其他皮肤赘生物。它的特点是操作简单，见效快。高频电刀能直接切除和干燥疣体，治疗也较彻底，但是，电烧灼疮面愈合较缓慢。综上所述，电烧灼治疗，可用于任何尖锐湿疣的治疗，但是对施术者的技术要求较高，烧灼太过或不足都是有害的。同时要注意无菌操作，预防感染。
５、手术治疗
尖锐湿疣一般不主张手术切除，因为手术治疗后，尖锐湿疣很容易复发，使治疗失败。但对带蒂的较大的疣体可考虑手术切除。有的患者尖锐湿疣生长过于迅速，或大如菜花，其他治疗十分困难，可考虑手术治疗。为防止复发，术后配合其他治疗。
尖锐湿疣的内治疗法
尖锐湿疣一般不需要内治。但是，有些患者存在着一定程度的免疫缺陷，多次施用各种外治方法都宣告失败，这时可配合一定的内治方法，以达到内外兼治的目的。
对尖锐湿疣的内治，主要是提高机体的免疫力和抗病毒两个方面。西医一般可予聚肌胞注射液2mL，肌注，隔日1次。或干扰素100～300万单位，肌注，每周3次。前者可诱导机体产生干扰素，而干扰素具有抗病毒、抗增殖的作用。中医治疗主要是辨证论治，根据不同的患者体质，给予清热解毒、除湿消疣的药物进行治疗。