黄连和黄莲是两种完全不同的植物，黄连为毛茛科黄连属药用植物，黄莲为睡莲科莲属观赏植物。
1、科属不同
黄连属于毛茛科黄连属多年生草本植物，黄莲属于睡莲科莲属水生植物。
2、形态差异
黄连植株矮小，根茎黄色味苦；黄莲具有大型圆形叶片和挺水花朵，地下茎为莲藕。
3、用途区别
黄连根茎入药具有清热燥湿功效，黄莲主要用于园林水景观赏及食用莲藕莲子。
4、分布区域
黄连多生长于山地阴湿处，主产四川、湖北等地；黄莲广泛栽培于池塘湖泊等水域环境。
二者名称相近但实际无亲缘关系，使用时需注意鉴别，药用黄连应在医师指导下使用。