梅毒的实验室检查分为梅毒螺旋体直接检查，梅毒血清学试验，脑积液检查，影像学检查及组织病理学检查。其中梅毒螺旋体的检查是检查组织及体液中梅毒螺旋体，包括有暗视野显微镜检查，免疫荧光染色或直接荧光抗体试验，银染色还有分子扩增试验。一般是对早期梅毒的诊断价值，包括硬下疳，二期梅毒病人扁平湿疣，口腔粘膜斑等。最重要的实验室检查是梅毒的血清学试验，分为特异性抗原试验和非特异性抗原试验。需病人进行血液的化验来检测。脑积液的检查主要是通过于排除神经梅毒以及诊断神经梅毒的。影像学检查用于骨关节梅毒，心脏彩超用于心血管梅毒，CT和MRI检查用于神经梅毒的辅助诊断。