沙眼衣原体肺炎多数情况下属于轻中度感染，但婴幼儿、老年人或免疫力低下者可能出现严重并发症。病情严重程度主要与感染部位、宿主免疫状态、是否合并其他病原体感染以及治疗时机有关。
上呼吸道感染症状较轻，表现为咳嗽、低热；下呼吸道受累时可出现气促、胸痛，胸片显示肺部浸润影。
健康成人多呈自限性，HIV感染者或移植术后患者可能进展为重症肺炎，需住院静脉用药。
合并肺炎链球菌或流感病毒感染时症状加重，可能出现持续高热、呼吸衰竭等危重表现。
早期使用大环内酯类抗生素可显著改善预后，延误治疗可能导致慢性咳嗽或肺外并发症。
确诊后应遵医嘱使用阿奇霉素、多西环素等药物，治疗期间注意休息并加强营养，婴幼儿患者家长需密切观察呼吸频率和进食情况。
