巴氏腺囊肿多数情况下无须治疗，若出现感染、疼痛或反复发作则需干预。处理方式主要有观察等待、药物治疗、引流手术、腺体切除术。
无症状的小囊肿可暂不处理，定期复查观察变化，日常保持会阴清洁避免继发感染。
合并感染时需抗生素治疗，如头孢克肟、阿莫西林克拉维酸钾、甲硝唑，同时配合温水坐浴缓解肿胀。
囊肿较大或形成脓肿时需切开引流，术后放置引流条防止闭合，需每日消毒更换敷料。
反复发作的囊肿可考虑切除巴氏腺，但可能影响腺体分泌功能，需评估后实施。
建议避免穿紧身裤摩擦局部，出现红肿热痛及时就医，术后两周内禁止盆浴和性生活。
