复方木尼孜颗粒可能出现胃肠道不适、皮肤过敏、头晕嗜睡等副作用，严重时可能引发肝功能异常。副作用主要与个体差异、药物成分、剂量不当、基础疾病等因素有关。
部分患者服药后可能出现恶心、腹胀或腹泻，与药物中活血成分刺激胃肠黏膜有关。症状较轻时可调整为餐后服药，严重者需停用并遵医嘱更换为香砂养胃丸、枫蓼肠胃康颗粒等胃肠保护药物。
药物中的维吾尔药材可能诱发皮疹、瘙痒等过敏反应。发现后应立即停药，必要时使用氯雷他定片、盐酸西替利嗪片等抗组胺药物，或外用糠酸莫米松乳膏缓解症状。
该药调节内分泌的作用可能引起中枢神经系统抑制，表现为乏力或注意力下降。建议避免驾驶或高空作业，症状持续需就医评估，可考虑替换为枣仁安神胶囊等温和制剂。
长期过量服用可能增加肝脏代谢负担，表现为转氨酶升高。用药期间应定期监测肝功能，异常时及时停用并配合护肝片、复方甘草酸苷片等保肝治疗。
服药期间出现严重不良反应需立即就医，避免与同类功效药物联用，肝功能不全者应在医师指导下调整剂量。
