肠镜检查通常需要挂消化内科或胃肠外科，具体科室选择可能与医院分科、患者症状及基础疾病有关。
多数医院由消化内科负责肠镜检查及胃肠道疾病诊疗，适合无明确手术指征的慢性腹泻、便血等症状患者。
若存在肠梗阻、肠道肿瘤等需手术干预的疾病，或既往有腹部手术史，建议优先选择胃肠外科就诊。
部分医院设立独立内镜中心，可直接预约肠镜检查，但需先由首诊医生评估适应症并开具检查单。
当便血、肛门疼痛等症状以肛周病变为主时，可先至肛肠外科排除痔疮、肛裂等疾病后再决定是否需肠镜。
检查前需按医嘱完成肠道准备，避免进食高纤维食物，女性应避开月经期，检查后2小时内禁食观察有无腹痛等异常。
