结膜炎通常可以治愈，多数患者通过规范治疗能够完全康复。结膜炎的预后主要与病因类型、治疗时机、个人护理、基础疾病控制等因素有关。
病毒性结膜炎有自限性，细菌性结膜炎需抗生素治疗，过敏性结膜炎需脱离过敏原。感染性结膜炎通常1-2周痊愈，慢性过敏性结膜炎可能反复发作。
早期使用抗病毒滴眼液更昔洛韦、抗生素滴眼液左氧氟沙星或抗过敏滴眼液奥洛他定可缩短病程。延误治疗可能导致角膜炎等并发症。
避免揉眼、规范清洁睑缘、停戴隐形眼镜可预防复发。病毒性结膜炎需隔离避免交叉感染，过敏性结膜炎需记录过敏原。
合并干眼症或免疫缺陷者易迁延不愈。需同步治疗原发病，如使用人工泪液缓解干眼，控制糖尿病等全身性疾病。
慢性过敏性结膜炎患者建议定期复查，急性发作期可冷敷缓解症状，日常避免接触花粉、尘螨等常见致敏物。
