百日咳潜伏期通常无须用药，若出现咳嗽加重或发热症状可遵医嘱使用阿奇霉素、红霉素、克拉霉素等大环内酯类抗生素，或接种百日咳疫苗进行预防。
百日咳潜伏期若确诊感染，医生可能开具阿奇霉素干混悬剂、红霉素肠溶片、克拉霉素缓释片等药物抑制细菌繁殖。
未完成百白破疫苗接种的密切接触者，可紧急接种吸附无细胞百白破联合疫苗进行暴露后预防。
出现剧烈咳嗽时可短期使用氢溴酸右美沙芬糖浆，痰液黏稠时可用氨溴索口服溶液，但均需严格遵循医嘱。
对于免疫功能低下者，医生可能建议匹多莫德颗粒等免疫增强剂辅助治疗。
潜伏期以观察为主，保持室内湿度，避免辛辣刺激饮食，出现犬吠样咳嗽或痉挛性咳嗽需立即就医。
