巴戟天可能引起口干、头晕、胃肠不适、过敏反应等副作用，使用前需咨询医生。
巴戟天具有温补作用，可能抑制唾液分泌导致口干，建议减少剂量或分次服用，可配合麦冬、玄参等滋阴中药缓解。
部分患者因血压波动出现头晕症状，与药物扩张血管作用有关，高血压患者应监测血压，必要时联用天麻、钩藤等平肝药物。
巴戟天刺激胃肠黏膜可能引发腹胀腹痛，宜饭后服用，可配伍砂仁、陈皮等理气健脾药物减轻反应。
体质敏感者可能出现皮肤瘙痒或皮疹，应立即停药并就医，可选用氯雷他定、西替利嗪等抗组胺药物对症处理。
使用巴戟天期间避免辛辣刺激饮食，出现持续不适及时就诊，孕妇及阴虚火旺者慎用。
